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兵败之后，一部分太平军逃到了东南部偏远的地方，还有些漂洋过海去了美国。而曾国藩则在太平天国曾经的都城履行其总督的职责。上一章已经提到，曾国藩并未找到传说中窖藏在天京圣库的金银财宝，但失望之余，他还是对总督衙门作了必要的修缮，长期以来处于军事管制之下的文官政府终于又重见天日了。他所关心的头等大事之一，就是恢复荒废了多年的科举。他遣散了部分湘军官兵，其余的分散编入各个将领麾下，他这么做，无非是想在江宁克复之后尽量显得低调些，不要因为权势过大而成为众矢之的。他也多次提醒过曾国荃，要他多加注意。
太平军是不足为患了，但捻军的势力却前所未有地壮大起来。向西和向北逃窜的太平军被他们吸收，黄河以南、鄂北、安徽以及从陕西边界跨过大运河直至山东一带都受到了他们的威胁。多年来，清廷一直视他们为心腹大患，唯恐他们有朝一日与太平军联手。他们兴起的过程和目的都无从知晓，但从他们作战的方式可以判断，他们并没有严密的作战计划，只是趁着大局混乱之时吸收了相当数量的兵力。如果他们的最终目的是建立反清政权，或是其他更远大一些的目标，那就只能说他们伪装得太好了。眼下他们共有四路人马，分别由张宗禹、任柱、牛洪和赖文光四位将领指挥。其中赖文光原本就属于太平军。不过他们虽然人数众多，但并不稳定。
捻军在四处奔走的时候还带着妇孺和牲口。他们没有火器，所以任何一座城池，只要有防御力量，他们便很难攻克。他们随身并不携带帐篷，也没有固定的营地，一到晚上就分散潜入附近的村落，要恰逢天时地利，他们会将自己军队所需要的地方占领。他们行军速度极快，能连续几天日行百里。一旦官军逼近，他们便靠兜圈子或像成群的蚂蚁一样左冲右突来脱身。避免与官军开战已经成了他们的铁律，主动出击则更不可能。然而一旦被逼到走投无路，他们却能表现得骁勇异常。四路人马各有几千名骑兵，随身都带着刀剑长枪，颇有解数。遭遇困境时，骑兵立刻在外围形成防御圈，或分散到侧翼掩护步兵，步兵则挥舞长矛拼死作战。
多年来，曾国藩和他手下的将领一直担心捻军会与鄂皖太平军联手与朝廷相抗。1860年，蒙古亲王僧格林沁败在英法联军手下后，被朝廷派去剿捻。1865年5月18日，僧格林沁遭遇埋伏，战死疆场。朝廷陷入险境，同治帝急诏曾国藩赴山东指挥剿捻。
那时的曾国藩已经官拜两江总督，结束了长年动荡的征战，刚刚开始在省城安顿下来，主持善后。朝廷在这个时候下这样的诏令，对他来说无疑是个打击，他很清楚自己面对的是个怎样的任务。他手上的湘军和淮军人数都不多；捻军骑兵队伍强大，但他没有骑兵。他需要花几个月的时间去扩充兵力，组建骑兵，这些工作就绪后，他还打算在十三个州重点设防，防线长达1000里。5月29日，他给同治帝上了一封奏疏，陈述了自己的策略，又补充说，自己状态不佳，恐怕难当重任。当然，这不过是礼节性的推拒。就在同一天，他又在家书中说，他计划率领8000湘军和14000淮军剿捻，月底启程；10天后，计划人数又变成了9000湘军，22000淮军。朝廷批准了他的上奏，命他统管山东、直隶和河南三省军务。曾国藩于6月18日动身，9月23日抵达徐州营地。
曾国藩将兵力分派到四个重镇。潘鼎新坐镇山东济宁，张树声驻扎江苏徐州，刘铭全、刘松山分别指挥河南周家口和安徽临淮。整整一年间，曾国藩布下了天罗地网，企图将捻军一网打尽。镇压过太平天国运动的将领们被曾国藩召回，比如鲍超和郭松林，两人都率旧部赶来。1866年，朝廷再次起用开缺回籍的曾国荃，先起任山西巡抚，后又授湖北巡抚。于是曾氏弟兄和时任江苏巡抚的李鸿章得以再度联手。然而他们拼尽全力，捻军还是跳出了他们的包围圈，肆意流窜于大运河和陕西边界之间；不久四路人马又在湖北会师，后兵分两路，分别向东西两个方向进发。1867年初，曾国藩致信其弟说：“淮、霆各军将近五万，幼荃（李鸿章幼弟）万人尚不在内，不能与之一为交手，可恨之至！岂天心果不欲灭此贼耶？抑吾辈办贼之法实有未善耶？”在另一封信中，他又写道：“捻匪忽来忽往，眴息百里，探报最难的确。余于不确之信，向不转行各处，反不如听各统领自探自主，自进自止，犹为活着。”
曾国藩在剿捻一事上失意倒正中了御史们的下怀，这些人见他剿捻不成，纷纷打算上书弹劾，甚至要求将他革职。指责他无能、骄矜、轻率之类的言论纷至沓来，不少人等着皇帝发话免了他的官职。朝廷没有采纳言官的建议；但是，曾国藩刚刚功成名就，位列公卿，便遭到如此抨击，说明他如日中天的时候已经过去了。此前曾国藩曾考虑过急流勇退，至少先退隐一段时间，但此时他听取了李鸿章的建议，决定在一片反对声中继续任职，免得退隐了一段时间，又被召回来处理什么难办的差事。
不过上奏请辞的官样文章还是要作的，但朝廷没同意，只准他告假，假期结束后依旧回江宁上任；剿捻一事由钦差大臣李鸿章接办。曾国藩一回到江宁便受到了当地百姓的欢迎，不过他回去上任，得益更多的是李鸿章，而不是他自己，因为李鸿章这下成了剿捻的实际领袖，曾国藩筹备两年得出的成果直接落到了他手里。曾国藩出发前往江宁后不久，正在追剿西部捻军的鲍超在湖北襄阳附近取得了重大胜利，不久后又在丰乐河取胜。捻军折损1万兵力，只得逃往河南。此时李鸿章已被授予湖广总督衔（由其弟署理），他将大营迁到了周家口。
1866年秋，左宗棠被任命为陕甘总督，并于1867年5月走马上任。昔日镇压太平军的将领再次联手对付捻军。江宁有曾国藩，武昌有李瀚章、曾国荃，直隶有官文，陕甘有左宗棠，李鸿章又亲临战场，剿捻事务助力强大，有望早日取胜；现在有8个省份能给李鸿章供饷，对比一年前，能给曾国藩提供财政支援的省份连一半都不到。当年6月，张宗禹和任柱率部东进，入侵山东，李鸿章集结了4省的兵力与之相抗。11月，任柱所部战败，次年1月4日，赖文光被处死，至此，除张宗禹所部，东捻军全部败亡。同年年初，张宗禹率军入侵直隶，震动京师，李鸿章和左宗棠即刻赶赴直隶追剿。当年4月，张宗禹所部又从直隶窜入山东，适逢潮涨，追击的官军被拦住去路，等到7月才得以继续追剿，最终俘虏了张宗禹，捻军之乱终于平息。1867年9月8日，曾国藩上书朝廷，称捻军已全部肃清。
曾氏弟兄已不如4年前那般炙手可热了。曾国藩是两江总督，因协助李鸿章剿捻，好歹还有些封赏，但曾国荃已不在任上，担任湖北巡抚期间的种种难处让他心灰意冷，而且他一向心高气傲，无法忍受那些因为他剿捻无果而引发的指责。1867年10月，曾国荃请假开缺，返回了湖南。此事能明显反映曾氏弟兄性格的差异。作为兄长的曾国藩并不是没有过一败涂地、颜面尽失的经历，但他能做到岿然不动，直到成功扭转乾坤；即便是在自己名誉扫地的时候，他写给其弟的书信中还是多有激励的言辞。1867年4月，就在曾国荃即将离任返乡之时，曾国藩曾劝解他说，自己也曾不止一次觉得前路暗淡，但唯有浴火方得涅槃。他在信中写道，“安知此两番之打败，非天之磨炼英雄，使弟大有长进乎？谚云吃一堑长一智，吾生平长进全在受挫受辱之时。务须咬牙励志，蓄其气而长其智，切不可恭然自馁也。”但是曾国藩的这番现身说法毫无成效；他提醒曾国荃，他们兄弟二人荣宠加身，曾氏家族一时也算风光无两，他们必须为国尽忠，方能报效朝廷，但这番提点也是徒劳，曾国荃做不到愈挫愈勇，也不懂得位高责重，虽然辞官归里后又被重新起用，授予高位，但以今人的眼光看，他从未企及其兄长的高度。
关于江宁政务，在此就不赘述了。值得一提的是上海的钢铁厂，也就是后来的江南制造局的创办，这是曾国藩及其同僚对中国国计民生所作的最深远的贡献。1863年末，太平军叛乱尚未平定，当时中国第一批赴海外留学归来的学子中有一个叫容闳的人，他来到安庆的总督衙门谒见曾国藩，提出应在中国创办工厂，生产蒸汽机船和各类机器。曾国藩对待此事的态度十分开明，并给容闳提供了财政支持。1866年，容闳从国外购得百数十种机器返国，次年1月底，所有设备装配就绪。1868年，新钢铁厂的第一艘轮船问世，且不论其吨位如何，这毕竟是中国国产的第一艘蒸汽机轮船。这一成果让曾国藩意识到，之前他在战场上所使用的船舰注定会被淘汰，汽船一定会取而代之；而且大清国的水师，尤其是海军，必须经历现代化的整改。轮船完工后被送到江宁检视，曾国藩亲自将其命名为“恬吉号”。虽然船长只有185尺（可能是中国的度量），但“恬吉号”是一个里程碑，标志着中国的一次进步。当时那所钢铁厂占地面积只有73亩，它能够生产蒸汽机和其他机器、炼矿、制造枪支、处理木工、锻造钢铁、生产火箭弹和其他弹药。工厂内不缺仓库和办公室，就是少一块船只维修的地方。曾国藩还意识到，他们急需技术类书籍，将国外的此类书籍翻译成汉语已经势在必行。
△江南机器制造局，是清朝洋务运动中成立的军事生产机构，成立于1865年9月20日的上海，由曾国藩规划，后由李鸿章实际负责，对于清朝的军事力量以及重工业生产都有提升作用。其附属设施广方言馆等对于晚清的知识分子吸收西方知识产生了很大的影响。
△容闳（1828——1912），原名光照，族名达萌，号纯甫，英文名Yung Wing，广东香山县南屏村（今珠海市南屏镇）人，中国近代著名的教育家、外交家和社会活动家。容闳是第一个毕业于美国耶鲁大学的中国留学生，是中国留学生事业的先驱，被誉为“中国留学生之父”。在清末洋务运动中，他因促成并且经理了两件大事而彪炳史册：建成了中国近代第一座完整的机器厂————上海江南机器制造局；组织了第一批官费赴美留学幼童。
同年还发生了扬州教案。8月22日，中国内地传教会所在房屋遭民众攻击，这所房屋不久前被几名传教士租下，他们之中有男有女。英国传教士戴德生遂向扬州知府衙门寻求庇护。当时民间有传言称传教士诱拐并虐杀孩童，为的是用其身体的某个部分入药。传教士一再请求，但官衙没能为他们提供庇护，至少其财产并未得到保护，因此在华的外籍人士纷纷揣测，这起教案的幕后推手就是当地官绅。在这起案件的处理过程中，扬州官员似乎比较消极，可能是害怕遭到报复。曾国藩派布政使李宗羲和另外两名职位较低的官员去处理此事。朝廷答应给予适当赔偿，但谈判进展缓慢，于是外方派炮艇驶入江宁，向曾国藩发出最后通牒，并扣押了他的一艘汽轮，可能就是恬吉号。曾国藩立刻处理了此事，英国代表对处理结果表示满意，但此后曾国藩的声誉在洋人的心里打了折扣。遗憾的是，曾国藩就扬州教案发出的函件并没有收录在官方文献中，只能在他本人的书信中找到关于此事的只言片语，因此我们只能借助国外的文献来了解这个案件，但是这些文献中的记载大多带有敌意，至少有失公允。两年之后，又发生更为严重的天津教案，从曾国藩对待天津教案的态度，我们可以推测，在扬州一案中，英国发出最后通牒的时候，曾国藩可能正在处理此事，只是态度比较谨慎；而且因为此案罪责明晰，曾国藩原本就应该能作出公允的处置。