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且说魏征听了太子李世民的一番话还是觉得有一定的道理的。当然了也知道了这个人的真实想法。对于皇帝李渊魏征还是十分了解的。这个李渊根本没法和太子李世民相提并论。而且李渊对出身于草莽的魏征还是心存芥蒂的。所以一直以来就不敢委以重任。相反太子李世民却完全不一样，他可以说的上是任人唯贤。这一点是让魏征十分佩服的。这让他忽然想起了原来的主子那个李建成，正是因为当初的小肚鸡肠没有听信魏征的建议才最终落得这个结果，说到底李建成根本不是成大事的那块料。是魏征看错了他。现在的太子李世民才是一代明主。刚开始的时候魏征也非常反对他的做法，但后来听了太子李世民的解释他终于开了窍。他终于明白了太子李世民的良苦用心了。当然了对于李世民的处置结果他还是口服心服的。从一定的意义上说皇帝李渊也算是得到了善终，这自然是后话，暂不表。
通过这样一次君臣的对话，这让魏征看到了完全不一样的李世民。从而更加坚定了他追随太子李世民的信心。所以从这个意义上说太子李世民的人格魅力还是无比巨大的。
太子李世民以秦王府护军秦琼为左卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。以高士廉为侍中（相当于宰相），房玄龄为中书令（亦相当于宰相），萧瑀为左仆射（亦相当于宰相），长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。以宇文士及为中书令，封德彝为右仆射（亦相当于宰相）；又以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权。
原太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子李世民。于是李世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”
随后朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事。魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。魏徵说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放。太子李世民得知此事后甚为高兴。
皇帝李渊将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”表达了自己要退位和内禅的想法。
紧接着，撤销了太子李世民兼任的天策上将府邸， 为李世民登基做好准备。
公元626年9月3日，这是一个特别的日子。皇帝李渊颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿——太极殿。李世民坚决推辞，皇帝李渊只好再次颁布制书，太子李世民再辞，直到第三次李世民才答应了这个事情。
皇帝李渊颁布传位制书的第二天，即武德九年八月初九甲子日（公元626年9月4日），太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（公元627年1月23日）改元贞观。太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫，史称“贞观之治”。这自然是后话，暂不表。
李世民即位后，于武德九年十月初一丙辰日（公元626年10月26日）下达诏书，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋门大哭一场，显得十分哀痛。谏议大夫魏徵、王圭两人上表请求陪送灵车到安葬地，太宗答应了他们的请求，并命令原东宫和齐王府的幕僚属官都去送葬。从太宗给两位兄弟的封号和谥号来看，无疑是降低了他们的地位身份：李建成原为皇太子，降为息王（亲王级别），谥号为隐，是中下等谥号（按谥法：“隐拂不成曰隐。不显尸国曰隐。见美坚长曰隐。”指本性难改，言过其实。又：“隐，哀也。”指柔弱短寿）；李元吉原为齐王（亲王级别），降为海陵郡王（郡王级别），谥号为剌，是下等谥号（按谥法：“愎很遂过曰剌。不思忘爱曰剌。”指刚愎自用，忘恩负义。）。
贞观十三年（公元640年1月5日），太宗封庶出皇子李福为赵王，过继给已故皇兄李建成为嗣。
贞观十六年（公元642年7月8日），太宗再次下诏恢复息隐王李建成皇太子的封号，改封海陵剌王李元吉为巢王（恢复为亲王级别），谥号不变，故后世称两人为“隐太子”、“巢剌王”。两人生前的身份地位恢复了，但恶谥依然伴随着他们。
很快就把立太子一事摆到日程上来。究竟要选择哪一位皇子呢？从伦理道德上说李承乾自然是合适的人选，之所以要这么说，是因为这个李承乾是皇后长孙无痕和李世民所生的第一子，而且无论从哪个方面来说都有李世民的风范。这也是皇帝李世民十分满意的。另外这个李承乾还是他所有儿子当中最年长的。这也可以说得上是得天独厚。说起这个李承乾的名字还有一个奇特的来历呢？事情原来是这样的。有一天长孙无痕在承乾殿和皇帝李世民闲聊，忽然感觉肚子疼的非常厉害，按理说距离预产期还有几天。但这个小家伙似乎已经有些等不及了，皇帝李世民十分慌乱，一时不知道怎么办了。赶紧吩咐人去传太医。，可还没等太医到来长孙无痕就临盆了。于是在承乾殿生下了这个皇子，为此皇帝李世民为了纪念这个事情，于是就亲自给这个儿子起了特别有意义的名字，那就是李承乾。当然了长孙无痕倒也没有什么意见。字面意思就是继承乾坤。从这个意义说还是说得过去的。皇帝李世民当然十分的高兴，这是他的第一个儿子。在这之前长孙无痕给他生了一个女儿。李世民给女儿起了一个很好听的名字，李玉儿。后来等到李世民登基为帝的时候就封了这个女儿为玉公主。当然了对这个女儿也是疼爱有加。没过多久似玉公主又为他生下了另外一个儿子，也就是李恪。这个李恪性格十分顽劣。皇帝李世民从心里不是很喜欢这个儿子，但碍于似玉公主的面子又不能表现出来。毕竟这个女人他是绝对不能得罪的。
这天，皇帝李世民去了长孙无痕的寝宫，这是他专门为这个女人建造的。并亲自命名为凤凰楼，但此凤凰楼非彼凤凰楼。无论从建筑风格来说还是从面积大小来说都要超过萧皇后的那座寝宫，很明显是要彰显大唐的气魄。这是自然的。
对于皇帝李世民的突然到来长孙无痕还是感到了一丝意外。因为很长时间这个男人都没有光顾这里了。这里的土地都快荒芜了，皇帝李渊一直就住在似玉的寝宫里。这是长孙无痕知道的。但这个女人从来都不生气，反倒异常的平静。这完全出乎所有人的意料。就连皇后的贴身侍女入画都抱怨不停。为此长孙无痕却根本就当没听见似的。所以这个侍女入画就只能独自生闷气。但又没有一丁点办法。
凤凰楼的太监叫春雨，是皇帝李世民亲自任命的。当然是在众多的太监当中精挑细选出来的。而皇帝李世民身边的太监叫秋风。这个时候秋风早已经把这个消息传到凤凰楼里了，太监春雨就赶紧马不停蹄的禀告皇后长孙无痕。长孙无痕还是十分的兴奋和激动。
此时的凤凰楼里一片热闹繁华的景象。侍女入画正在为皇后长孙无痕梳妆打扮着。今天这个入画怎么这么慢呢，长孙无痕心里就想长了草一样。其实根本不是入画的原因，而是她的心里在作怪。如果用一千年后的爱因斯坦的相对论解释一番，她一定就知道是怎么回事了。
“娘娘，今天的太阳是从西边升起来的么？陛下怎么会想起您来了呢？”侍女入画来了一句。
“那你就不用管了，来了就总比不来强。陛下又不是我一个人的。”长孙无痕笑着说道。
“奴才就不明白了，你难道一点都不怪陛下么？”侍女入画继续说道。
“这天下岂有女人怪罪男人的，而且还是当今陛下。三从四德你难道都忘记了么？”长孙无痕用纤细的手指轻轻的点了点侍女入画的额头说道。
这个时候侍女入画只好点了点头，算作默许。
入画刚好二八妙龄。根本不懂得皇后的那番话。