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身为最高统治者，足利尊氏对这种行为不能不闻不问，否则傀儡北朝就根本无法控制，自己也就失去了大义名分。然而当真处罚这些有功之臣吧，又怕会冷了武士们的心，终究打天下、灭南朝靠的不是院驾，不是公卿，而是这些不懂规矩的乡下武士们。
当年十一月，足利尊氏开设幕府，为了稳固自己的统治，他编成新的武家法典《建武式目》，减轻“建武新政”以来压在农民身上的沉重负担，奖赏有功武士，惩治贪官污吏，打击贵族、寺院势力，禁止他们参与国政。在这一法典的约束下，政治开始走向清明，各地武士之心也逐渐安定下来。
【●南北朝的开端】
就在转战关东的那五年中，北畠亲房完成了他的重要著作《神皇正统记》。这是一部以朱子学为指导思想，以朱熹的《通鉴纲目》为模本的史书，记述从所谓“神代”直到南朝后村上天皇继位这千余年间的历史，更明确点说，是这千余年间的天皇史。亲房在书中宣扬“大义名分”，笔诛“乱臣贼子”，主张天皇必须拥有三种神器，并且具备神器所对应的正直、慈悲、智慧这三种道德，而公家、武士们则应当遵守传统秩序辅佐天皇，这样才能使政治稳定，社稷安康。
【●细川赖之和足利义满】
以金崎城为基地，义贞凭藉东宫之名征集部队，并派其弟胁屋义助前往要隘杣山城，儿子义显远赴越后进行联络工作。义助刚离开金崎城，杣山城城主瓜生保、义鉴兄弟就在母亲的授意下，搜集了数千兵马赶来汇合。
正平十六年（北朝康安元年，1361年），由于受到佐佐木高氏（道誉）的挑拨，细川和氏之子清氏投降南朝，随即杀入京都，迫使足利义诠和后光严天皇逃往近江。次年（1362年）七月，细川赖之在赞岐白峰城大败细川清氏——清氏或许就殁于是役，总之从此消失了踪影。因为战功，赖之节节攀升，最终成为幕府执事，并且足利义诠临终前，也把年幼的儿子义满托付给了他。
足利义满前期的对南朝战争，基本上都是由细川赖之在指挥。他先是任命今川贞世（了俊）为九州探题，贞世在大内义弘的协助下，打败菊池武朝等南朝武将，基本控制住了九州的局面。其后，细川赖之诱降楠木正仪，随即以正仪为先锋，以弟细川赖元为总大将，突袭南朝的天野行宫，将南朝军队主力消灭殆尽。
首先是元中七年（北朝明德元年，1390年）的“土岐氏之乱”。土岐氏出自源氏，一门总领土岐赖远曾任美浓守护，因为冲撞了光严院的御车而被足利直义下令斩首。但是赖远本人功勋卓著，因此在他被处刑后，诸将求情，幕府允许其侄赖康继承家业。到了足利义满时代，土岐赖康拥有美浓、尾张、伊势三国守护职，声威煊赫，这当然会引起义满的警惕。
南朝新帝登基，就是后村上天皇，年仅十二岁。且说当时天下局势，南北朝各占三分之一，余下三分之一朝秦暮楚，左右摇摆。南朝主要由胁屋义助经营北陆，北畠亲房、显信父子经营关东。兴国元年（北朝历应三年，1340年）九月，斯波高经攻破越前府中，胁屋义助经美浓、尾张，退往伊势，不久后进入吉野，觐见了后村上天皇。
武士们拥护足利尊氏造建武朝廷的反，是为了把土地和政权重新从公家和贵族手中抢夺过来，建立一个全新的甚至比镰仓幕府更为强大的武家政权。然而南北朝对峙开始以后，足利尊氏为了更大限度地维持内部安定，拉拢友方势力，被迫对公家和贵族做了部分妥协，他延迟了地方上从庄园制向领主制的演进过程，限制豪族们的权力扩张，仍然拥戴京都朝廷，并且保护支持自己的公家和贵族们占有土地。
两军接战，高师泰一时败绩，退回京都。当年十月，足利直冬统率大军杀到京都郊外，其父直义趁机逃往大和，掀起了反旗。为了能够在与高氏的对决中稳占上风，直义干脆背弃兄长尊氏的阵营，主动提出归降南朝。后村上天皇喜不自胜，立刻答应了他的请求——是年为正平五年（北朝观应元年，1350年），幕府一分为二，史称“观应之乱”。
留守镰仓的千寿王足利义诠派兵出利根川迎击，被陆奥军杀得全军尽没。而同时奉父命在上野搞煽动活动的新田义贞之子义兴也举兵响应，上野一国皆反，甚至连曾经发动过“中先代之乱”的北条时行也不知道从哪里突然冒了出来，率其党羽在伊豆举兵，宣布加入南朝方，给予义诠以致命的打击。十二月，显家、义兴、时行三面围攻镰仓，义诠弃城而逃。
延元元年（1336年）五月二十七日，新田义贞在五千残兵的保护下，带着战败的消息返回京都。后醍醐天皇此时再慨叹楠木正成的策略有多正确，后悔自己不用其人之计，也已经来不及了，只好携带着三种神器，率领皇族、公卿、武士数万人撤离京都，重上叡山——给尊氏下过院宣的光严院在途中假称患病，转身折回京都。
可惜乱局并没有就此平定，在进入花山院隐居两个月后，不甘失败的后醍醐上皇再次施展出看家本领，化装成女人逃了出去。他跑到大和吉野地方，修建临时宫殿，再次即位，自称为“南朝”，而称京都政权为必须讨伐的“伪朝”。相应的，京都方面则自称“京方”，也骂后醍醐天皇的吉野政权为“伪朝”——“一天两帝南北京”，日本从此进入了长达五十余年的南北朝时代。
足利尊氏能忍，他的弟弟足利直义可忍不了了，与高氏兄弟间的矛盾日益加深。直义跟随尊氏起兵，论功勋不在高氏兄弟之下，论人望和名分更要远高于高氏，所以尊氏对其颇为忌惮。可以这样认为，虽然直义就立场来说是站在尊氏这一边的，但出于政治利益考虑，尊氏想要除掉直义之心却要强过想要制约高氏兄弟之心百倍。
【●南朝栋梁尽失】
这种种举动必然会引起相当数量激进派武士，尤其是僻远乡下，根本不在乎天皇和朝廷为何物的武士们的反感，而这一类武士的代表人物，就是高氏兄弟。
天授四年（北朝永和四年，1378年），幕府将军足利义满在京都的室町地方修建了一所华丽的宅邸，因为院中遍植花卉，人称“花之御所”——这就是足利幕府又被称为室町幕府的缘由。
第二年（1391年），拥有七国守护职，在四国和山阳道都举足轻重的细川势力卷土重来，斯波义将被迫辞去执事，让给细川赖之的养子细川赖元。这是当年四月的事情，随即十二月就爆发了“明德之乱”。
后村上天皇任命胁屋义助为西国、四国总大将，使其挥师从纪伊走海路挺进四国，在小豆岛建立基地。四国豪族纷纷响应，义助很快便控制了大半个四国，同吉野朝廷及在九州奋战的菊池党遥相呼应。然而就在这一关键时刻，突如其来的疾病夺去了胁屋义助的生命，是为兴国三年（北朝康永元年，1342年）五月——四国地区的分裂形势一直保持到南北朝结束。
因为民间百姓对楠木正成这一历史形象的喜爱，更因为日本官方大力宣扬武士道精神，宣扬以忠为主体的日式儒家思想，所以南北朝孰为正统的争论一直延续到近代，在军国主义抬头的明治天皇在位期间竟然引发了全社会的大争论和大动荡。最后明治天皇干脆连祖宗都不要了，正式宣告南朝为正统，他本人的祖先们都是叛逆，北朝天皇不再列入天皇系谱——这真是世界各国都从来没有过的大笑话。
战乱产生了大量失去土地和主家的武士，他们在日本再无立锥之地，遂沦为盗贼，甚至渡过苍茫大海，前往朝鲜半岛和中国大陆烧杀抢掠——这就是所谓“倭寇”的开端。正平二十二年（南朝贞治六年，1367年），高丽国王派遣使者来到京都，要求北朝和幕府恢复秩序，严禁倭寇。正平二十四年（南朝应安二年，1369年），刚刚建国的明太祖朱元璋派遣使臣七人来到九州，向南朝的征西将军怀良亲王递上国书，国书内容主要是谴责倭寇，并希望通商友好。怀良亲王杀死了使臣中的五人，扣留杨载、吴文华三个月后，才写下一封言辞桀骜不训的回书，交予两人带回。
此后，斯波义将讨平占据越中的南朝名将桃井直常，势力逐渐恢复。到了天授四年（北朝永和四年，1378年），细川赖元等进攻南朝的领地和泉、纪伊，遭到惨败，随即代替其为将的斯波派山名氏清、山名义理却成功攻取上述两国。从此细川赖之的声望大跌，遂于次年（1379年）闰四月被赶下了台。斯波义将再任执事，发兵讨伐细川赖之。
且说北朝康永、贞和年间，高氏在关东战败了北畠亲房，随即在河内四条畷杀死楠木正行，攻陷了南朝的大本营吉野，功勋卓著，声威煊赫。为了制约高氏的势力，正平四年（北朝贞和五年，1349年）足利直义派养子直冬前往主持中国地区的军事，就任长门探题，同时利用畠山直宗和上杉重能的谗言，把高师直从执事的位置上扯了下来——这当然会引起高氏的强力反弹。
忙于稳定畿内局势的足利尊氏在得知新田义贞图谋北陆的消息后，急命越后守斯波高经率军包围了金崎城。此时，胁屋义助刚离开杣山城，正在返回金崎途中，主从仅十六骑，当晚，他趁着夜色苍茫，率领从骑绕着敌军的阵地狂呼：“北国武士、僧兵两万骑前来支援官军！”士气并不高昂的斯波军立刻慌乱得四散奔逃。于是义助兵不血刃地解了金崎之围。
山名时熙兄弟猝不及防，战败被迫隐居，足利义满削弱山名氏的计划完成了第一步，而细川赖之也因此功勋，得已重新参与幕政，其子赖元继任为将军执事。下一步，足利义满准备把下野的时熙兄弟再扛出来，反过来利用他们去打击得势的山名氏清和山名满幸。于是元中八年（北朝明德二年，1391年）十一月，借口山名满幸侵夺后元融院在出云横田庄的御料地，突然解除其丹后守护一职，并下令追放。山名氏清、满幸被迫举兵叛乱，于十二月间率领五千兵马直逼京都。
元弘三年（1333年），镰仓幕府灭亡，六月，后醍醐天皇回到京都，随即任命北畠亲房的儿子、年仅十六岁的北畠显家为陆奥守，辅佐义良亲王镇守东北地区，亲房也跟随其子去到了陆奥。足利尊氏发动叛乱，南北朝开始以后，亲房提出“东国经营”的策略，亲自前往关东地区，想要分化瓦解跟随足利氏起兵的关东豪强们。
就在这种背景下，双方的谈判终于获得成功，元中九年（北朝明德三年，1392年）闰十月，南朝后龟山天皇离开吉野，在将神器交付给北朝的后小松天皇后，体面地迁往嵯峨大觉寺隐居——南北朝时代就此终结。
得益于北畠显家的围魏救赵战术，固守杣山城的新田义贞赢得了短暂的喘息机会。在这弥足珍贵的几个月时间里，义贞得到越后、加贺等地僧兵部队的有力支援，势力象雪球一样越滚越大，终于突破杣山城的包围，屡败京方军，几乎占领了整个越前国。
八月二十八日，新田义贞调动全部兵力组织了最后一次京都攻击战，又被高师直击退。为了瓦解敌人，足利尊氏进呈了一份奏折，宣称这次战争完全是针对新田义贞的，只要后醍醐天皇下山并交出三种神器，幕府可以既往不咎，依然奉他为天皇。此时叡山上粮草将尽，士兵疲惫无助，后醍醐天皇万般无奈之下，只得答应了尊氏的要求。
且说这位足利义满将军，倒也算是一代雄主，他继任幕府将军的时候年仅十一岁，掌握实权的乃是执事细川赖之。细川氏本是足利氏的同族，细川俊氏生公赖、赖贞兄弟，赖贞有三子，其一就是前文提到过的大名鼎鼎的细川定禅，公赖也有三子，并为足利尊氏麾下大将，是为细川和氏、细川师氏和细川赖春——细川赖之是赖春之子。
连遭挫败的北畠显家始终没有离开畿内。三月八日，身处敌军重重围困下、粮草断绝的显家对驻扎在摄津四天王寺的细川显氏军发起突击，并凭着孤注一掷的精神奇迹般地在河内的石川河原打败了显氏部队，显家之弟显信更趁机攻取了山城的男山城，直接威胁京都安全。
足利尊氏于五月二十九日杀进京城，六月五日，他派足利直义率大军对叡山发动攻击，建武功臣千种忠显奋战而死。二十日，一队从宇治方向出现的官军突然袭击驻在东寺的足利尊氏本阵，正在围攻叡山的部队顿时陷入恐慌，在当日的大战中被全面击溃，狼狈退回京都。
然而这个时候，奥州猛虎北畠显家却又开始行动了。足利尊氏进入京都后，后醍醐天皇行踪不明，北畠显家就在陆奥灵山奉戴义良亲王为主，积极备战，准备东进复国。延元二年（1337年）八月，他接到了新田义贞的求援书和后醍醐天皇从吉野发来诏书后，遂与结城宗广、伊达行朝等奥州豪族从灵山出发，大举侵入关东地区，连战连胜，势如破竹。
足利尊氏一看干掉了兄弟直义，再度翻脸不买南朝的帐。南朝以宗良亲王为征夷大将军，率领新田义宗、新田义兴、胁屋义治等将东下，和尊氏反复争夺镰仓，鏖战不休。当年八月，弥仁王继立为北朝天皇，称后光严天皇，一天两帝局面重现。
然而，足利幕府最终却并没有兑现自己的承诺。到了应永十九年（1412年），后小松天皇让位给年仅十二岁的东宫实仁亲王，是为称光天皇。十六年后，称光天皇去世，没有子嗣，于是大觉寺统的小仓宫谋为天皇，因为得不到幕府允准而遁往伊势，在大名北畠满雅的支持下举兵叛乱。最终叛乱被平定下去，持明院统的彦仁亲王被拥上宝座，是为后花园天皇。大觉寺统从此就与皇位无缘了，此后的历代天皇都属于北朝光严、崇光天皇的嫡系后代。
数百年间的官方论调，北朝是正统，南朝是伪朝，既然如此，那么楠木正成、新田义贞等人也都是侍奉伪朝的“朝敌”了。然而到了十六世纪，德川光国编纂《大日本史》，为了宣扬楠木正成的所谓忠义精神，公然和官方大唱反调。德川光国是江户幕府德川氏将军的同门，是当时声名卓著的“贤侯”，他的论调因此受到了很多人的追捧。
就在新田义贞战殁的当月，后醍醐天皇任命北畠显信为镇守府将军，将关东的军事全权委托给他，以及其父北畠亲房。第二月也即八月，北朝光明天皇终于把足利尊氏一直垂涎欲滴的征夷大将军的名号赐了下来，足利幕府也称室町幕府就此正式拉开序幕。
高师直仗着幕府所拥有的强大兵力，根本就不把皇室放在眼中，传说他曾经讲过这样的话：“在京都有叫做天皇的，拥有大量领地，还有叫做内里和院的御所，让他下台比较困难。如果一定要有天皇的话，那么可以用木来雕，用金来刻，而把真的院和天皇流放到任何地方去，免得碍事。”高师直的弟弟高师泰则指示部下说：“嫌恩赏数量太少吗？身边如有寺社和本所的领地，可以越境占用嘛。”
足利直冬本是尊氏与侍妾所生的庶长子，被直义收为养子，并下赐“直”字。他受命走到备后国的鞆津地方，突然遭遇高师直部下的袭击，被迫远遁九州。高师直兄弟本是天不怕地不怕的悍将，于备后袭击了直冬后，回过头来又聚集一族郎党袭击足利直义。在这次事件中，尊氏明显偏袒高氏，结果畠山直宗和上杉重能被杀，直义被迫于当年十二月出家入道，声称远离俗世的纷争，放弃俗世的权力。
足利尊氏于延元元年（1336年）开设幕府以后，设置关东管领以统治关东地区，设置奥州探题以统治奥羽地区，设置九州探题以统治九州十一国，都派同族担任。然而，幕府的实际权力却操持在执事高师直和侍所头人高师泰这对兄弟的手里。
据说后醍醐天皇临终时，左手持法华经，右手持宝剑，并且传下遗言：“唯愿消灭朝敌而致四海太平，纵使埋骨南山，魂魄也要遥望北阙。”他这种势不罢休的精神，倒也是挺值得赞佩的。
南北朝直到明德三年（1392年）十月，才在足利尊氏的孙子义满的努力下，和平归于一统。此后的日本天皇，都是光严、光明天皇的子孙，自然坚持自己的正统地位，不过民间也有很多反对者——因为后醍醐天皇当初交给光明天皇的三种神器竟然都是赝品，神器始终保存在南朝天皇手里，直到南北朝结束才交给北朝天皇，那些反对者们坚持认为，神器在谁手里，谁才算是正统。
到了正平二十二年（北朝贞治六年，1367年）年底，足利义诠去世了，传位给其子义满，次年（1368年）十二月，足利义满正式补任征夷大将军。足利义满时代，京方在军事上又有了长足的进步，一度攻陷南朝的天野行宫，而南朝名将如宗良亲王、北畠显信等先后去世，楠木正仪降伏，已经日薄西山，再难复振了。
不过关于倭寇问题，日本内部还在打个不休，哪有闲功夫去处理？况且，倭寇的起因正是因为战乱，战乱不止，就算严剿倭寇，严禁船只下海，也是无法彻底解决这一问题的。倭寇对高丽和明朝的沿海骚扰日益严重，朱元璋大怒，遂于明洪武十六年（1383年）断绝了和日本的贸易关系。
足利尊氏怎么也没料到竟会后院起火，马上调遣高师直以下畿内所有部队反扑男山城。高师直在攻打显信坚守的男山城受挫后，改变战术，除留下部分部队围城外，主力从各个方向朝一马平川的四天王寺合围过来。十五日，京方军队在四天王寺附近和北畠显家的部队遭遇，拉开了阿部野战役的序幕。十六日晨，从两翼进行包抄作战的细川显氏、高师冬加入战团，遭到夹击的显家军一败涂地，本阵四天王寺陷落。
京方的足利幕府，所以能够最终取得南北争乱的胜利，很大程度上得益于足利义诠对在乡武士和各地守护的妥协让步。正平七年（北朝文和元年，1352年），足利尊氏以其子义诠的名义发布了“半济法”，即允许守护以征收“兵粮米”为名，获取属于公家、贵族和寺社庄园的一半年贡。这一政策最早在近江、美浓和尾张三国执行，足利义诠当政时逐渐扩大到北朝所控制的所有领地。
足利尊氏子义诠接任征夷大将军，继续展开对南朝的进攻。此后的战争，混乱得几乎无法理清脉络，更无法用语言来形容，反正南北双方都是外战和内乱不断——既然连幕府将军都一会北朝一会南朝，那么地方武士朝秦暮楚、朝降暮叛，也都可以理解了。计南朝方先后叛变的主要将领有大内弘世、楠木正仪等等，幕府方先后叛变的主要将领有仁木义长、细川清氏等等。
元中六年（北朝康应元年，1389年），山名时义去世，其子时熙继承了一门总领之职。山名氏同族的丹波、和泉守护氏清与丹后、出云守护满幸为了争夺家督之位，在足利义满面前进时熙的谗言。于是义满遂于次年（1390年）命令山名氏清、满幸讨伐山名时熙及其弟氏幸，并且承诺说：“如果成功，就将时熙兄弟的守护国赏赐给你们，但马给氏清，伯耆和隐岐给满幸。”义满很想趁着这个天赐良机一举击垮山名本家，所以还给蛰居赞岐的细川赖之写了密信，要他从四国出兵，协助平定备后。
北畠显家战死后的当年七月，坚守长达四个月的男山城终于被攻破，北畠显信遁走河内。
这大概是受了文永、弘安之役元军来袭的影响，一方面怀良亲王并不了解大陆局势，不知道这个明朝和以前蒙古人所建的元朝有什么关系，另方面也基于前车之鉴，坚决不能向外来“侵略者”低头服软。朱元璋看了那封回书，大概会哭笑不得吧，于是他于次年（1370年）再派赵轶出使日本，说明自己所代表的并非蒙古人而是汉人，怀良亲王这才恍然大悟，立刻好礼款待，并且上表称臣。
然而他才一下山，就被足利直义率领重兵以“护送”为名，押解到京都的花山院软禁起来。跟随出行的公卿大臣全部被捕，只有新田义贞等武士保护着东宫恒良亲王与尊良亲王渡过琵琶湖，逃往越前敦贺。
战火四处燃起，遥遥不知止期。到了正平三年（北朝贞和四年，1348年），楠木正成的儿子楠木正行在河内四条畷战死，高师直长驱直入，攻陷了南朝的首都吉野，后村上天皇狼狈逃往穴生。到了这个时候，形势对京方绝对有利，天下眼看就要太平，没想到，足利幕府内部却乱了起来……
其实细川赖之的去职，并非仅仅因为斯波派的打击，很大原因在于将军足利义满已经成年了。义满亟待摆脱细川氏的阴影，树立自己的权威，把幕政完全掌握在自己手中。执事斯波义将的能力和威望都不如细川赖之，从此义满就可以敞开手脚，进行自己的政治改革了。
保护着东宫北上敦贺的新田义贞，此时手下只有土居、得能等人所率三百伊予兵，被迫翻越崇山峻岭而行，路逢大雪，不断有士卒因为冻饿而倒下，真是极度的艰苦。好不容易到达敦贺，受到了金崎大宫司气比氏治的热情迎接，义贞等人总算是有了一个落脚的地方。
受到高氏兄弟的支持和怂恿，许多幕府的有功之臣肆意妄为，惹得足利尊氏大为头疼。比如美浓守护土岐赖远某次来到京都，在大街上遇见了光严院的御驾，卫士们高呼让路，土岐赖远竟然高呼道：“什么院驾在此？或许你说的是犬驾。若是犬驾，我便射他一箭。”当真拉弓放箭，射掉了院驾的车帘，还命令手下把随驾的公卿暴殴了一顿。
足利尊氏闻报大怒，遂于延元二年（1337年）元月，再派大将高师泰统率精锐杀向北陆。此时新田义贞手上并没有足够的军队，又不能放弃这来之不易的根据地逃往它处，正在苦无对策之时，突然接到后醍醐天皇的使者，报称天皇已在吉野复辟，并且召集到了一定数量的部队，很快便会赶来支援，金崎城中军民士气顿时万分高昂。
后话暂且不提，且说足利义满的所谓“治世”。本来京方早有机会吞灭南朝，偏偏京方内部纷争不休，各国守护日益坐大，时常发动叛乱，威胁幕府统治，甚至一个搞不好还倒向南朝，导致局势瞬间扭转。足利义满毕生都在和这些守护势力做斗争。
然而，顽强的北畠显家竟然又一次从失败中爬了起来，当年五月，他带着不知道从哪里变出来的军队，再度出现在了和泉的堺。五月二十二日，高师直闻讯而来，在石津与北畠显家展开最后的激战，这次，年仅二十一岁的显家再也没能从满地尸骸中站立起来……
【●显家奋迅】
从延元三年（北朝历应元年，1338年）直到兴国四年（北朝康永元年，1342年），北畠亲房一直转战关东各地。然而他的努力却是徒劳的，建武新政早就寒了地方武士的心，关东豪强纷纷内通足利氏，亲南朝的据点被逐一拔除，北畠亲房最终被迫回归吉野。此后他跟随在后村上天皇身边，继续指挥对京方的战斗，正平九年（北朝文和三年，1354年）病殁于贺名生，享年六十二岁。
观应之乱延续的时间并不算长，正平六年（北朝观应二年，1351年）元月，直义派的桃井直常率北国兵马南下，和足利直义两面夹攻京都。足利尊氏和高氏兄弟被迫逃往丹波和播磨。尊氏一看情况不妙，于是以勒令高氏兄弟出家为条件，提出与直义和谈。高师直和高师泰在被押往京都的途中，于摄津被上杉能宪所杀——能宪是上杉重能的养子，他可算是为父亲报了血海深仇了。
后醍醐天皇非常信任北畠亲房，他有意立次子世良亲王为嗣，就把世良亲王托付给亲房教导。然而元德二年（1330年），世良亲王突然病逝，北畠亲房因此引咎出家，法号宗玄。
一方面，足利义满继续打击南朝的势力，并最终完成了南北统一，另方面，他想尽办法提高将军家的威信的实力，压制在长年混战中日益庞大的地方势力。可以说，如果没有足利义满执着不懈的努力，或许南北朝的乱世还将无休无止地延续下去，而足利将军家将只是北朝诸侯们名义上的盟主，室町幕府根本就无法被称为是一朝完整意义上的武士政权。
当然，这种庄园经济向守护的领国经济转化的趋势，强化的只是作为整体的京方，而非足利幕府本身，这柄双刃剑在消灭了“朝敌”以后，反过来也砍向足利幕府将军，这却是尊氏、义诠两代都根本无法预料的。到了足利义满时代，很多家族身兼数国守护，军事力和政治影响力都足以威胁幕府统治，义满费尽毕生心力，也终究无法彻底解决这一问题。
而这个时候，主张“东国经营”的北畠亲房，正在常陆、房总等地陷入苦战。先是高师冬率京方军东进，在小田城下击败了北畠亲房，随即小田城主小田治久内通高师冬，迫使亲房退往关城，其子北畠显时退往大宝城。高师冬进攻关城，同时派小笠原贞宗进攻大宝城。兴国三年（北朝康永二年1343年）十一月，因为关东有力豪族结城亲朝的策谋，最终两城都被攻下，北畠父子逃往吉野。
《神皇正统记》系统地阐明并且发展了传到日本的朱子学，将许多神道内容也糅合其中，宣扬日本“肇国悠久”、“皇位神圣”。可以说，北畠亲房的这种思想是近世日本神国体系以及在此基础上产生的军国主义思想的滥觞。
足利义满亲率直属武士“奉公众”及在京各大名的军队，总数估计近万，前往讨伐。在大内义弘、细川赖之、畠山基国等守护的奋战下，山名军很快就全线崩溃，山名氏清战死，满幸逃亡——是为“明德之乱”。战后，造反的山名氏被全数剥夺了领地，而站在幕府方的山名时熙兄弟只得回了但马、伯耆、因幡三国——“六分之一殿”的后代，势力萎缩了七成还不止。
可惜足利义满并没有胃口一举将浓、尾、势三国吞下，战争的结果，只是勒令土岐康行将美浓守护交给其叔父赖忠，把土岐氏一分为二，暂时遏止了其势力的发展而已。
然而，意外发生了，当时竹羽城附近的藤岛砦由平泉寺的僧兵把守，新田义贞派兵攻打，因为久久没能得到胜报，遂亲率五十骑前往探查。行至半途，遭遇一支为数三百人的敌军，混战中一支流箭射中了义贞的眉心——叱咤天下的名将新田义贞，就这样莫名其妙地战死了，年仅三十八岁。
〔北畠亲房和《神皇正统记》〕
到了延元四年（北朝历应二年，1339年）八月，后醍醐天皇身染重病，让位给其子义良亲王，然后没过多久就咽了气，享年五十二岁。所谓“后醍醐”之类，本是天皇的谥号，是要到死后才追尊的，然而后醍醐天皇却在生前就为自己拟定了谥号，其意为追从醍醐天皇的功绩，建立一个没有幕府、院政、摄政关白的完全由天皇亲政的时代——当然，历史不会倒退，那是彻底的梦想。
然而虽然送掉了高氏兄弟的性命，尊氏和直义间的和谈最终还是破裂了。当年八月，足利直义被迫逃往北陆。十月，尊氏归降南朝，并且取得了追讨直义的诏命。次月，北朝崇光天皇被废，莫名其妙的，天皇朝廷又名义上归于一体了，史称“正平一统”。
【●南北朝的终结】
足利直义重整旗鼓后，于正平六年（1351年）十一月杀回关东老家，夺取了镰仓。足利尊氏与其子义诠匆忙调集大军征讨，于足柄山击破直义军，次年（1352年）元月收复了镰仓，直义被擒。关于足利直义的下场，有两种说法，一说是于本年二月被足利尊氏毒死，一说是次年（1353年）得急病而死。
三十日，各方向汇集来的官军在新田义贞的统领下，对京都展开反攻，尊氏军收缩防线，采取守势，形势再次倒向后醍醐天皇一边。然而，官军终究人数较少，在发动过几轮攻击后，由于因后援枯竭而被迫后退。撤退过程中，新田义贞主力遭到细川定禅的追击，大将名和长年战死。
土岐赖康没有儿子，就抚养侄子康行和满贞作为继承人，等他死后，年长的康行成为一族总领。土岐满贞心怀不满，就向足利义满进谗言说康行有谋反的企图，义满正中下怀，于是下诏讨伐土岐康行。
不过希望很快就落空了，后醍醐天皇保守吉野都感觉困难，哪有力量奔驰数百里来支援北国呢？只有胁屋义助比较迅速地点起数千杣山军赶来，不幸于半途遭到高师泰的阻击，激战一天后，瓜生保兄弟为保护义助逃进金崎而奋勇战死，杣山军全部覆没。
南北朝谁都吃不了谁，第二代幕府将军足利义诠遂尝试用和平方式完成统一，派人多次赴南朝谈判。然而两朝要并合为一，存在着一个极大的前提，那就是只能剩下一位天皇，义诠当然支持北朝，而南朝的历代天皇也都不愿意让出宝座，因此谈判最终还是以破裂收场。
【●北朝观应之乱】
根据这一法令，各国守护得以加强对领内庄园的控制，能够更有效地把庄园武士征召从军，同时更有效地把在乡武士团结在自己身边，军事实力逐步增强。正是靠着这一点，京方军队才得以在义诠和义满时代不断取得辉煌战果，最终把南朝逼得无路可走，只好乖乖交出神器，让出政权。
然而，由于得不到关东地方豪族的支持，经过连番大战，北畠显家有限的兵力已经消耗殆尽，而足利尊氏则调遣高师泰、高师冬等部队依托畿内，层层递进地冲击陆奥军。在这种波浪式的消耗攻击面前，北畠显家终于抵挡不住了，只得绕过京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢复的陆奥军再度攻击京都，同闻讯而来的京方军在奈良的般若坂发生战斗，结果北畠显家战败，率领残部遁入河内，义良亲王则逃往吉野。
细川赖之最强有力的政治对手是斯波高经之子斯波义将。斯波高经原本是直义派武将，后跟随足利义诠，因此义将一度出任幕府执事，当时的斯波一门权势熏天，这就引起了有“婆娑罗大名”（此处的“婆娑罗”，指特异而华丽的穿着）之称的佐佐木高氏的愤恨。在高氏的谗言中伤下，正平二十一年（北朝贞治五年，1366年），足利义诠解除义将的执事职务，随即发兵讨伐斯波父子——是为“贞治之变”。斯波父子逃往北陆，不久高经病死，义将复归幕府。
北畠亲房出自村上源氏，镰仓初期的政治家源通亲是其祖先。后醍醐天皇初继位时，就有三位重要的臣子辅佐他并推进复兴皇室、推翻镰仓幕府的改革，此三人即为吉田定房、万小路宣房和北畠亲房。后醍醐天皇召禅僧玄惠入宫讲解朱子学，北畠亲房也就拜在玄惠门下，他可以说是推动日本朱子学发展成型的重要代表。
正平七年（北朝文和四年，1355年）三月，足利尊氏、义诠父子击败南朝军队，收复京都。从这一年开始，南朝军队节节败退，京方重新占据了优势地位。三年后（1358年）四月，足利尊氏死于京都二条的万里小路邸，享年五十四岁，结束了他播乱的生涯。
金崎包围战从一月一直打到三月，最终矢尽粮绝。新田义贞、胁屋义助等数人保护着东宫恒良亲王乘小船逃走，结果恒良亲王还是在途中被京方军队擒获，押回京都处死，而义贞子义显、十三岁的尊良亲王以及气比一族、城兵三百人则留下坚守到了最后一刻，城破后纷纷自杀。义贞兄弟逃到杣山城，集结热血武士三千余人，屡次出击，连败京方军，北陆战事暂呈胶着状态。
延元三年（北朝历应元年，1338年）七月，得知北畠显家战死，男山城形势危急的新田义贞抽调大部分兵力，命胁屋义助为大将进军南下。刚到半路，就传来了男山城陷落的消息，义助只得引兵返回北陆。义贞兄弟审时度势，决定先攻打驻守足羽城的斯波高经，以稳固后方——闰七月二日，北国的南朝大军象潮水一般涌向足羽城。
经过反复协商，足利尊氏拥立光严上皇的弟弟丰仁亲王号令天下，就是光明天皇。后醍醐天皇答应退位，并将三种神器授予光明天皇，唯一的条件是，让自己的儿子成良亲王入主东宫。
“明德之乱”的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他们没有追随新田义贞，而是跟了足利尊氏，屡立战功，到了山名时义当家的时候，全族执有丹波、丹后、因幡、伯耆、美作、但马、出云、隐岐、备后、和泉、纪伊等十一国守护职，因为全日本才不过六十六国，故此人们都尊称山名时义为“六分之一殿”。
足利幕府经过观应之乱后实力大损，相对的，南朝一度恢复统一号令，又得到足利直冬等直义残党的支持，开始逐渐占据上风，在山名时氏、楠木正仪、足利直冬、桃井直常等将统率下，南朝军队曾经先后两次攻入京都。
条件非常优越，今后两统不要再抢着当天皇，仍然大家有份，并且就算你暂时没能轮上，也还有自己的领地，吃穿不愁。既然面子有了，里子也有了，势穷力蹙的南朝又有什么理由不答应呢？
拿下镰仓后，北畠显家于次年（1338年）元月挥师西下。不甘失败的足利义诠聚拢败兵，尾追南朝部队求战，在美浓的青野原再度全军覆没。就这样，足利尊氏起家的老窝、整个关东平原全都落到了北畠显家手中，后醍醐天皇的吉野朝廷总算有了一块还算成规模的领地。
足利直义身在京都，不敢不暂时委曲求全，逃到九州的足利直冬可就没那么听话了，他很快回归中国地区，召聚党羽，随时有东进报仇之意。于是次年（1350年）六月，高师泰向足利尊氏求得了讨伐直冬的诏书，亲率大军离开京都向西进发。
【●明德之乱】
元中九年（北朝明德三年，1392年），南朝体面地交出神器，结束分裂局面，是基于以下四个条件：一、后龟山天皇向北朝小松天皇让渡三种神器，其仪式不是投降，而是授予；二，今后的皇位仍由持明院和大觉寺两统交替继承；三，诸国国衙由大觉寺统管理；四，长讲堂领由持明院统管理。
凑川合战，“军神”楠木正成永远地消失了，足利尊氏誊出手来，立刻调集所有部队进攻新田义贞。在尊氏绝对优势兵力的围攻下，新田军彻底瓦解，义贞的战马也被箭矢射杀，最后徒步退到一个名叫“求女冢”的坟冢上。已经突出敌围的义贞同族部将小山田高家见状，毫不犹豫地冲回敌阵，将自己的马匹让予义贞，然后徒步掩护突围直至战死。