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1861年初，战争形势有利于太平军一方。不算石达开，太平军已有4支主力部队。湖北有英王陈玉成，皖南有忠王李秀成，侍王李世贤占领着徽州，与忠王军队连成一片，威胁安庆清军。干王洪仁玕前去湖南招募新军，兵源主要来自广东、广西和贵州。大半个江苏已处于太平军的控制之下，浙江和福建也快要遭其荼毒。
清军方面以防守为主。曾国藩在祁门，其弟曾国荃正陈兵安庆城下，胡林翼与鄂北清军正在鄂皖边界与英王周旋，左宗棠与鲍超的军队则在景德镇不远处驻扎。
当年年初，朝廷的这些将领收复了赣北的一些城池，尤其是饶州和九江。但在皖西，英王在霍山击败清军，从而挺进湖北，攻陷蕲水、黄州、德安和随州。在赣南，太平军的势力也略为猖獗，因此曾国藩不同意鲍超赶赴湖北，而是将他派往南昌，以防太平军威胁抚州和建昌。
左宗棠从景德镇出发奔赴乐平，他一离开，太平军便直扑景德镇，4月9日攻陷了这座城池。4月10日，曾国藩从祁门前往休宁，当时景德镇失陷的消息还没传到他耳中。4月16日，曾国藩的部队攻打徽州而未成，一度陷入绝境。他只控制着祁门、黟县和休宁，军队供给完全中断。4月22日，他企图再次发动攻击，却仍以失败告终。但不久之后，左宗棠击退了侍王，运粮通道再次被打通。很显然，太平军到处发动攻击，就是希望曾国藩会掉安庆的部队去增援，原本只是想震慑一下湘军，结果却激怒了他们。
英王此时已从湖北还军，企图增援安庆。太平军四王（如果石达开还能算太平军一员的话，那也应该算上他）千方百计要解安庆之围，但依然无法撼动攻城的清军。逆境更能彰显曾国藩的品性。他并无战胜忠王的妙计，但他能保持清醒的头脑，坚决不把军队调离安庆。太平军竭尽全力想让自己的调虎离山计得逞，这正说明了他们在安庆的防守力量正变得越来越弱。对太平军来说，安庆不可失，所以曾国藩对这座城池便更是志在必得。同样，他也深知自己必须守住身后的湘鄂赣三省，那是湘军兵员、饷银和军械的来源。可能有人会认为他固执己见，耽误了有利战机，并因此指责他不知变通，但我们必须认识到，在没有强大的中央政府作为支撑的情况下，他手上并无任何可供掌控的资源，相反，他是一个受害者，政府权力分散让他深受其扰，地方官员们又不买他的账。我们不能用其他国家或其他时代的标准去评价他，而必须考虑他所处的环境。曾国藩可谓那个时代的不世之才，不管是清军和太平军之中，都无人能出其右，他堪当大任，矢志而不渝，尽志而无悔，才终能挽狂澜于既倒。
4月末，曾国藩命鲍超赶往安庆前哨桐城和怀宁，营救多隆阿，这样一来他自己所在的地区便处于更加危险的境地。5月初，曾国藩率数百名士卒前往安庆近郊，留张运兰攻打休宁，朱品隆把守祁门。他与鲍超在东流会合时，英王对安庆城外的湘军发起了攻击，但杨载福、多隆阿和曾国荃分别从江上、前哨和安庆城外联手抵御，击退了英王所部。
与此同时，左宗棠将侍王所部从景德镇驱赶到了浙江，然而太平军攻占了位于杭州正南面的金华。为了扳回一局，6月初，忠王离开瑞州基地，攻占了江西的几个州县，随后进入湖北界内，在兴国、大冶、通山和崇阳等州县的郊区大肆破坏，湖北巡抚胡林翼不得不派兵抵拒。除此之外，太平军的其他行动倒是都很快被镇压了。
太平天国诸王的所有企图调虎离山的计策都失败了，曾国荃又不停地给安庆城内的守军施加压力。有情报称守军情况已经十分堪忧，几乎弹尽粮绝，除非援军能火速赶到，否则守军必须尽快发动决战以求逃出生天。这本应是场速战速决的斗争，但双方交手期间，江上往来的外国轮船出手帮了太平军。7月8日，安庆外围防线全面崩溃，与此同时，江西的左宗棠、南面的鲍超和西面的胡林翼也正竭力阻拦侍王、忠王和英王前来救援。
浙江向朝廷请求增援，于是朝廷便下令左宗棠前往，但曾国藩冒死抗旨，说浙江的太平军已经退回江西鄱阳湖地区，并处于左宗棠一人的控制之下。眼下围攻安庆急需兵力，一旦将左宗棠调离，湘军攻防局面便会被全盘打乱。目前左宗棠和张运兰所控制的区域甚广，西起饶州，过祁门，东至徽州，南抵广信，因此左宗棠实在分身乏术。在这样的紧要关头，若从本就不多的兵力中再抽走哪怕一小部分，都会影响安庆最终的战果。就在同一天，他又以同样的理由请求朝廷收回调彭玉麟去广东任按察使的成命。
忠王还想赌最后一把，企图为安庆打开生路。他率部急趋南昌，希望曾国藩能从安庆调兵去救援江西的省城。某个自以为是的御史居然在这个时候跳出来大放厥词，说江西危矣，曾国藩应立刻采取措施防守，却不知自己的这番言辞正中忠王下怀。曾国藩不得不上书朝廷详细说明太平军的攻势，并一一解释自己的应对之策。言官制度确有它的好处，但遇到这种复杂的危局，御史们往往分不清利害，所谓空言误事，正是如此。好在8月忠王抵达瑞州时被鲍超的部队阻拦，一直驱赶到了丰城，8月29日，忠王战败，只得先退到抚州，随后便撤出了江西。
太平军救援安庆的最后一搏也失败了。1861年9月5日，清军围攻了两年之久的安庆终于克复了。当晚，曾国藩去信曾国荃道：
郭弁到，接喜信，知本日卯刻克复安庆。是时恰值日月合璧、五星连珠。钦天监于五月具奏，以为非常祥瑞。今皖城按时应验，国家中兴，庶有冀乎！大界之事，王二王三之话均算得矣。余于初二三日坐长龙赴安庆。惟此间银不满六千金，欲凑满万金犒赏将士，弟处可设法办得四千金否？
两天后，多隆阿攻占桐城，9日，杨载福的水师收复蕲州。湖北、江西很快被平定，这两个省份的太平军被逼退到安徽、江苏和浙江。安庆与桐城的太平军俘虏被处死，在安庆被杀的俘虏有2万人，桐城人数是安庆的一半。
曾国藩本该为收复安庆而高兴，但就在这时噩耗传来，湖北巡抚胡林翼去世了，这让曾国藩心头的喜悦顿时烟消云散。7年相交，胡林翼一直是他的挚友和后援，他没少向胡林翼寻求过帮助和建议。论治行才望，胡林翼绝不在曾国藩之下。当月，咸丰帝也驾崩了。
因克复安庆有功，湘军不少将领都获得了封赏。李续宜接替胡林翼出任湖北巡抚，彭玉麟任安徽巡抚，原本就是行伍出身的鲍超拜将，张运兰被任命为福建按察使，但因曾国藩对其十分倚重，最后还是获准留下了。曾国藩本人受封太子少保，曾国荃被任命为按察使，赏布政使衔，并赐黄马褂。幼弟曾国葆破格提拔为直隶州知州，赐单眼花翎。战殁三河的曾国华追谥“愍烈”，他阵亡之时年纪尚轻，能获得如此哀荣，也是破例了。
官军的基地和曾国藩的大营都转移到了安庆。太平军手中仍有5处战略要地：沿江有芜湖、江宁，安徽中部有庐州，江宁以南有宁国，它是通往江宁和浙江省的门户，另外还有江苏巡抚驻地苏州。
安庆克复后不久，曾国荃率2万人沿江顺流而下，奔江宁而去。但他担心自己的兵力不足以攻下太平军都城，所以他中途折返，回到安庆，征得同意后便前往湖南，又招募了6000新军。曾国荃募勇期间，清军的死对头忠王再次奔袭浙江，攻下了绍兴和衢州，扩大了太平天国的势力范围，杭州再次受到威胁。浙江是官军粮食的供应地，绝不能落入敌手。果然，曾国藩立刻有所动作，派左宗棠前往救援。
忠王所部大肆扰乱江浙两省，当地百姓人心惶惶。1861年11月18日，一批官绅受托从上海乘轮船赶到安庆面见当时的两江总督曾国藩，声泪俱下地求他派兵增援。他们都表示，江苏有不少人参加了民兵组织，武器船只也齐备，且江浙地界上水网纵横，水路交通十分通畅。但是如果朝廷不加增援，这一切就要落入敌手了，因为眼下这个地区只有3座城池仍处于朝廷控制之下，即江苏的镇江和上海，以及浙江北部的湖州。
但曾国藩答复称，立即派兵增援不太可行，但眼下已被举荐为江苏巡抚的李鸿章正在安庆缮甲厉兵，来年春天有望赴江苏增援。因为形势错综复杂，曾国藩最终决定建立3个军队据点，为的是将太平军困在自己的包围圈内，然后步步进逼江宁，江宁的围攻由曾国荃指挥。3个据点之中，左宗棠负责浙江，李鸿章管辖江苏，而他自己则统领赣东和安徽。左宗棠已经出发前往浙江。
11月20日，朝廷命曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，这几个省份的巡抚和其他官员都必须听命于他。左宗棠应加速往浙江进发。依据礼节惯例，曾国藩辞让再三，称安庆克复多亏有胡林翼和多隆阿襄助，当下兵力依然有限，无法派兵去上海增援，四省的军务大权，自己受之有愧。同时他还推举左宗棠全权管理浙江军务。
就在曾国藩草拟奏疏的时候，四省形势突然开始急转直下。忠王和侍王都在这个区域，他们很有可能雇佣了外国军队，太平军方面取得的胜利应该跟这些军队脱不了干系，忠王在次年的战斗当中很有可能使用了外国的枪支，给江宁的曾国荃造成了重大的损失。太平军攻占台州之后，又转移到省城杭州，1861年12月29日，杭州失陷。随后，太平军进犯军事要地宁国，在那里盘踞了一段时间，1862年年初被赶回浙江。左宗棠被正式任命为浙江巡抚，但新帝依然坚持要曾国藩统辖四省军务。曾国藩并不想接受任命，因为这是朝廷的破格提拔，一定会招致他人的嫉妒。
至于政务，曾国藩倒是欣然接受。他修缮了省一级的书院，并恢复了两江科举。另外他还调整了当地田赋，对比较贫瘠的田地分开征税，而肥沃的田地则征收每亩400钱的战争税。此外，他还创办了一所兵工厂。
上海官绅也希望雇用外国军队协助收复失陷的地区。士绅和朝廷都问过曾国藩的意见。曾国藩认为，在上海宁波雇佣外国军队还说得过去，毕竟这两地是通商口岸，国外势力参战可以视为保护他们自己的利益。但苏州、常熟和江宁这些内陆城市就不一样了，如果外国军队卷入，一旦战败，便会成为天下人的笑柄；若旗开得胜，又不知会出现怎样的纷争了。而且，即便是在口岸城市雇佣外国军队，所有条件也要事先谈妥。
1862年2月，曾国藩听到消息，上海已经在与英法筹划防御事务，随后可能还会让外国军队参与苏州的攻夺。显然，国外势力卷入已是既成事实，但曾国藩内心的不安丝毫没有消减。他早先便向皇帝奏明，若那些洋人并非善类，那么战事结束之后，他们肯定不会拿了酬金就太太平平地撤军，没准会赖着不走，以图在大清国财富中分一杯羹，这无疑会给朝廷埋下祸患。
不久后，江浙两省的士绅进京，请求朝廷接受英法的援助，再次将这个问题摆上台面。与此同时，外国公使也同样听到了他们本国国民的呼声，要求他们放弃一贯坚持的中立立场，转而采取直接的干预政策。朝廷在这个问题上有些首鼠两端，既对外国势力的动机持怀疑态度，但又蠢蠢欲动地想要答应江浙士绅的请求。于是，朝廷要求曾国藩和都兴阿查明此事后再作商议。
△安庆内军械所，1861年由曾国藩创设于安徽怀宁黄石矶、安庆大观亭，是清末洋务运动最早官办的新式兵工厂、清政府创办最早的以手工制造近代武器的军工作坊。科学家华蘅芳曾在此主持制造中国第一艘轮船“安庆”号。
曾国藩的立场和之前一样。如果外国军队人数超过清军，在清军相当有限的协助下就能驱逐太平军，那么他们一定会在这片土地上为所欲为。多隆阿、鲍超、曾国荃的部队以及李鸿章正在招募的新军都没有多余兵力可以派去与外国军队合作攻打苏州、常州和江宁。这样一来，清军的处境便犹如一个只懂得纸上谈兵的人，一碰到真枪实弹便只能请人代他上战场。只是现实当中清军境况更差，他们既不会动笔也不会动手，只能成为天下笑柄。太平军方面在是否请外国势力援助这一问题上也一直犹豫不决，据说洪秀全对洋人还非常排斥，所以朝廷对待这个问题时也应该多加小心，先不要给明确答复，对外国人提供的援助不拒绝但也不接受，对方催促时再作商议。总理衙门可向洋人暗示，目前曾国藩手下兵力不足，无法分兵与外国军队一起攻打太平军，但芜湖和东西梁山之战结束后，朝廷可能会请他们相助。
曾国藩的言辞之中难掩他对国外势力的抵拒，但我们绝不能就此推断他不关注江苏或不重视上海。他在好几封家书中都提到了这个区域，眼看有可能落入敌军之手，他的焦急之情也是溢于言表。早在1861年11月4日他便对此事有所提及，12月，他又提到要将曾国荃派往上海，因为上海与苏州、杭州和外国都有商业往来，所以战略和经济意义重大。虽然后来他没有明显的动作，但种种蛛丝马迹表明他确实有意将上海交与曾国荃管辖，但曾国荃更倾向于去江宁。但不管怎样，曾国藩后来征得了李鸿章的同意，将他派往上海，并承诺将太平军降将程学启手下的1000人和湘军水师5000人调拨给他，以扩充他新招募的淮军的兵力。
2月22日，李鸿章率淮军抵达安庆，并开始按照湘军的模式组建部队。曾国藩从自己的军队中选派了一些人去帮助李鸿章训练新兵。3月底，8000淮军已整装待发。原本曾国荃和李鸿章是打算沿着长江一路向东攻打下去的，但因为上海的情况十万火急，他们放弃了原计划，打算让淮军部队乘士绅们花18万两银子雇来的7艘轮船直接开往上海。4月间，部队分成三批，依次东下。4月25日，朝廷终于正式命李鸿章署理江苏巡抚。
当下战事主要集中在安庆的下游地区，曾国荃率2万兵马缓慢前往，同行的还有其弟曾贞干（译者注：即曾国葆，加入湘军后改名曾贞干）及其手下的5000人马，以及彭玉麟的水师。左宗棠正在浙江部署兵力；多隆阿和李续宜在庐州附近围堵太平军，不让他们与捻军联手；鲍超在江宁南边攻打宁国；张运兰则控制着皖南，由于他的部队占据着徽州，因此通往浙江的道路便处于张运兰的掌控之中。还有一些不属于湘军的将领有意与曾国藩联手，如率领江北经制兵的都兴阿，位于安徽境内淮河上游地带的袁甲三和李世忠，以及镇江的一支部队。
1862年5月13日，多隆阿从英王手中夺回了被攻占已久的庐州。太平军逃往寿州，多隆阿紧跟着追到了那里。寿州守军不久便投降了，苗沛霖背叛太平军，将英王擒送到胜保面前。最终英王在自己的手下面前被多隆阿处死。这次取胜后，朝廷得以将兵力集中派往江宁以及皖南和江浙各地。然而，虽然战场越来越集中，但这个时候陕西突然向朝廷求援，多隆阿前往相救，只留5000人把守庐州。这样一来，浙皖苏的官军便失去了他的助力。
除浙北的湖州外，其他地区的形势都有利于朝廷。曾国荃继续沿江东下，于5月31日抵达江宁城下，并在雨花台安营扎寨。都兴阿夺回了大运河沿岸的扬州，江苏北部被平定。浙江的台州也被克复。随后，官军又在外国军队的帮助下收复了宁波。
看眼下情形，大有速战速决的趋势。但曾国藩坚持按部就班，要等所有军队扫清障碍，齐集江宁。费时费力他能接受，但他绝不愿孤注一掷，那样风险太大。如果他把所有兵力直接调集到江宁，那么江宁以外的太平军又会分散地窜入各地，一切都要再从头来过。因此他所采用的战术如同蛇之于猎物，从三个方向缓缓收拢包围圈，将太平军困在其中，最后让身在江宁的曾国荃采取行动，一点一点地将敌军绞杀在他们的都城内。